“Babylon Projesi barış için son ve en iyi umudumuzdu. Tarafsız bölgede yer alan, 8 km. uzunluğunda, kendine yeten bir dünya. Çeyrek milyon insan ve uzaylı için bir ticaret ve diplomasi yeri. Uzayda parlayan bir fener, gecenin içinde yapayalnız. İnsanoğlunun Üçüncü Çağı’nın başlangıcıydı. Büyük Savaş’ın hepimizin başına geldiği yıl. Bu, son Babylon istasyonunun öyküsüdür. Yıl 2259. Bu yerin adı: Babylon 5.” —2. sezon jenerik sunumu
2. sezon, 2 Kasım 1994’de başlayıp 15 Ağustos 1995 tarihinde sona ermiştir. Komutan Sinclair, Babylon 5’ın komutasından alınarak Minbar gezegenine büyükelçi olarak tayin edildiğinden, Babylon 5’ın komutanlığına John Sheridan getirilmiştir. Sinclair’in görevden alınmış olması Babylon 5 İstasyonu’nda genel bir huzursuzluğa neden olmuştur. Ama Sheridan, bunun üstesinden gelebileceğine ve her şeyi tekrar eski düzenine döndürebileceğe emindir. Diğer taraftan güvenlik şefi Garibaldi’nin sağlık sorunu, G’Kar’ın kayıp oluşu ve Delenn’in ise girdiği koza durumundan henüz çıkamaması yeni sezonun işlediği ilk konuları oluşturur.
Böylesi bir curcunanın içine düşen Sheridan, burada işlerin sandığı kadar kolay yürütülemeyeceğini farkeder. Psi Birliği’nin Babylon 5 ile yakından ilgilenmeye başlaması, Centauri İmparatoru’nun üs ziyareti, Delenn’in Gri Konseyi ile yaşadığı sorunlar, kamuoyunda Babylon 5’in tartışılmaya açılması, Gölgeler’e dair bilinmeyen gerçeklerin ortaya çıkışı, Narn-Centauri Savaşı ve ilk kez bir Vorlon’un biyolojik kıyafeti olmaksızın görünmesi gibi konular, 2. sezonun ana hatlarını oluşturur.
02×01 Points of Departure
Dünya İttifakı Genelkurmay Başkanı General Hague, Agamemnon kaptanı John Sheridan’la irtibata geçerek filosundan ayrılmış bağımsız bir Minbari savaş gemisi olan Trigati’nin bulunmasını emreder. Ayrıca Sinclair, Babylon 5’ın komutasından alınarak Minbar gezegenine büyükelçi olarak tayin edildiğinden, Babylon 5’ın komutanlığına John Sheridan getirilmiştir. Sinclair’in görevden alınmış olması Babylon 5 İstasyonu’nda genel bir huzursuzluğa neden olmuştur. Ama Sheridan, bunun üstesinden gelebileceğine ve her şeyi tekrar eski düzenine döndürebileceğe emindir. Diğer taraftan güvenlik şefi Garibaldi’nin sağlık sorunu ciddiyetini korumaktadır. G’Kar kayıplarda ve Delenn ise girdiği koza durumundan henüz çıkabilmiş değildir. Böylesi bir curcunanın içine düşen Sheridan, burada işlerin sandığı kadar kolay yürütülemeyeceğini farkeder. Tüm bunlar yaşanırken Minbari Ateşesi Lennier, Komutan Sheridan ve Susan Ivanova’ya, 10 yıl önce Dünya-Minbari Savaşı’nın ansızın sona ermesine neden olan kehanetten söz eder. Minbariler reankarnasyona inanmaktadırlar. Ama yaptıkları hesaplar son 2000 yıldır nüfuslarının azaldığını ve niteliksizleştiğini ortaya koymuştur. Ölen ruhların neden başka bedenlerde tekrar doğmadıklarına bir anlam verememişlerdir. Ama insan türüyle karşılaştıklarında yitirdikleri ruhların insan bedeninde doğduğuna inanırlar. İnsanlığı yok etmemelerinin nedeni işte budur. Minbariler aslında, insan bedeninde tekrar doğmuş olan kendi ruhlarını kurtarmak istemişlerdir. Ama Gri Konsey’i bu gerçeği savaşçı sınıfıyla paylaşmadığından filodaki bazı generaller, düşmanı yenmek üzereyken teslim olunması emrini mantıksız bularak filodan ayrılmıştır. Trigati gemisi de bu ayrılıkçılardan biridir. Minbariler uzun zamandır Trigati ‘yi arıyor olsalar da ele geçirememişlerdir. Ama Trigati ansızın Babylon 5’ın yakınında belirir. Mürettabatının gerçek amacı Babylon 5 tarafından yok edilerek şehitlik mertebesine ulaşmaktır; ama Komutan Sheridan bunu farkederek gemiye saldırmayıp, Bir Minbari kravazörüne mesaj yollar. Gelen Minbari Kravazörü Trigati’yi vurur ve gemi infilak eder. Komutan Sheridan ise, Babylon 5’da ki ilk macerasını böylelikle yaşamış olur. Ama Minbari kehanetinin devamı da vardır ve bu kehanet dönmekte olan büyük bir düşmanı işaret etmektedir.
02×02 Revelations
John Sheridan’ın kız kardeşi Lizzie Babylon 5 İstasyonuna gelir. Bu ziyaretle birlikte, komutanın ölen eşine dair duyduğu özlem de gün yüzüne çıkar. Bir süredir kayıp olan G’Kar ise, kimsenin uğramaya cesaret dahi edemediği yerlere gitmiş ve burada ki karanlık güçlerin varlığına tanık olmuştur. Benliğini kuşatan büyük bir endişe duygusuyla Babylon 5’a geri dönüp, herkesi bu tehlike konusunda uyarmaya çalışır. Ona göre, tüm türleri yok oluşa sürükleyebilecek çapta bir savaş yaklaşmaktadır. Narn Rejimi, G’Kar’ın sözünü ettiği yere bir keşif aracı gönderse de bu araç yok edilir. Çünkü Mollari, düşmana gemi hakkında istihbarat vermiştir. Öte yandan Büyükelçi Delenn kozasından çıkarak dönüşümünü tamamlar. Artık daha çok bir insana benzemektedir. Bir süredir komada olan Garibaldi de iyileşmiştir. Ama kendisini vuran ve Dünya İttifakı Başkanı Luis Santiago’yu öldüren güçleri çökertmek konusunda hala ısrarcıdır. Telepat Winters’tan kendisine zihin taraması yapmasını ister. Bu fikir işe yarar ve kendisini vuran kişi yakalanır; ama kusursuz bir planla ortadan kaybolacaktır.
02×03 The Geometry of Shadows
Centauri Büyükelçisi Londo Mollari, Babylon 5’a gelen üç Tekno-maj’ı kendi çıkarları doğrultusunda kullanmak ister; ama başarılı olamaz. Tekno-majlar, bilim yoluyla sihir etkisi yaptığına inanılan kadim ve bilge bir gruptur. Yaklaşan karanlık nedeniyle anavatanlarını terkederek, uzak çok uzak yıldızlara göç etme kararı almışlardır. Öte yandan üsde patlak veren bir Drazi kavgasını durdurmakla görevlendirilen Susan Ivanova’nın işi oldukça zordur. Draziler, kültürel bir gerekliliğin sonucu olarak belli dönemlerde Yeşil ve Mor gruplara ayrılarak kavgaya tutuşmaktadırlar. Grupların amacı diğer gruba baskın çıkmak ve bir sonra ki döngüye kadar otorite sağlayabilmektir. Ama ilk başta yalnız kavgadan ibaret olan bu durum daha sonra aşırı şiddete ve cinayete dönüşür. Tekno-majlar ise, Babylon 5’dan ayrılırken Mollari’ye bir kehanette bulunmuşlardır. Kehanete göre karanlık güçlerle işbirliği yapan Mollari, arzuladığı kudrete bir gün ulaşacaktır. Ama bu kudret, milyarlarca yaşamın acı içinde sönmesine de neden olacaktır.
02×04 A Distant Star
Keşif Gemisi Cortez, ikmal yapmak için Babylon 5 İstasyonu’na gelir. Cortez’in kaptanı Maynard, John Sheridan’ın eski komutanı ve çok yakın bir dostudur. Dolayısıyla bu ziyaret Sheridan’ı oldukça sevindirir. Fakat Cortez, Babylon 5’tan ayrılıp sıçrama yaptıktan bir müddet sonra arıza nedeniyle Hiperuzayda sıkışıp kalır ve birilerinin duyması umuduyla imdat çağrısı yollar. Sinyal, cılız da olsa Babylon 5’a ulaşır ve Komutan Sheridan derhal bir kurtarma ekibi oluşturarak, Cortez’in sağ salim geri getirilmesi emrini verir. Daha önce hiperuzayda kaybolan hiçbir gemi bulunamamıştır. Bu nedenle operasyonun büyük riskler taşıdığı çok açıktır. Kurtarma ekibi hiperuzayda kaybolan Cortez gemisinin yerini tespit etmeye çalışırken, ansızın ortaya çıkan esrarengiz siyah gemiler büyük bir korku yaratır. Buna rağmen kurtarma ekibi görevini başarıyla tamamlayarak Cortez’i geri getirmeyi başarır.
02×05 The Long Dark
Babylon 5’ın yakınında sürekli olarak imdat çağrısı yollayan Copernicus isimli bir gemi belirir. Geminin üzerinde ki harflerden S.S.C.B üretimi olduğu anlaşılmaktadır. İncelemek için gemiye binen ekip, içeride sirojenik dondurucuyla uyutulmuş biri erkek, diğeri kadın olan iki insan bedeniyle karşılaşır. Bunlardan erkek olanı çoktan ölmüş kadın ise ölmek üzeredir. Erkeğin cesedi üzerinde yapılan araştırma sonucu, iç organlarının yerinde olmadığı anlaşılır. Ölmek üzereyken bulunan kadınsa derhal üs revinire kaldırılarak, tedavi altına alınır. Bu sırada Babylon 5 İstasyonu’nda bir cinayet işlenir. Kurbanın bedenindeki tüm iç organların kayıp olması, üsde tedirginliğe neden olmuştur. Tedavi altına alınan kadın iyileşir ve kendine gelir. Karı-koca oldukları anlaşılan çift, dünyadışı varlıkları keşfetmek amacıyla 100 sene önce sirojenik dondurucuya girmişlerdir. Gemileri Copernicus ise bu zaman zarfı boyunca uzayda dolaşmıştır. Fakat çift, bunca zamandır dolaştıkları yerlerden üsse davetsiz ve tehlikeli varlıklar getirmiştir. Ama John Sheridan ve ekibi, bu şeytani yaratığı bulacak ve yok edecektir.
02×06 A Spider in the Web
İsogi-san ve Amanda Carter, Mars Kolonisi’ni ekonomik açıdan güçlendirip özgürleştirecek bir ticari anlaşma yapmak için Babylon 5 İstasyonu’nda buluşurlar. Görüşme esnasında telepat Winters da orada hazı bulunur. Görüşme genel hatlarıyla oldukça iyi geçmiştir; fakat kimliği belirsiz bir kişi İsogi-san’ı öldürür. Katilin Mars Ayaklanması esnasında öldüğü sanılan Özgür Mars örgütünün eski liderlerinden Abel Horn olduğu anlaşılır. Kendisine ölmek üzereyken gizli bir örgüt tarafından bazı işlemler uygulanmıştır. Abel Horn, bu işlemlerin ardından bir çeşit yapay zeka ile hareket eden yarı makine-yarı insan haline gelmiştir. Aldığı komut doğrultusunda telepat Winters’ı da öldürmeye yeltenmiş; ama Winters’ın kişisel zihin tarama yeteneği yüzünden programı sekteye uğramış ve kendisinin ne olduğunu sorgulamaya başlamıştır. Winters Abel Horn’a yaptığı zihin taramasında onu bu hale getirenlerden birinin psi birliği yetkilisi olduğunu keşfeder; ama bunu gizleyecektir. Abel Horn üssün güvenlik güçleri tarafından çok geçmeden yakalanır; ama kendisini imha eder. John Sheridan’a göre, bu tuhaf olayın ardında “Büro 13” isimli gizli ve derin bir organizasyon vardır.
02×07 Soul Mates
Telepat Winters’ın eski eşi Matt Stoner Babylon 5 İstasyonu’na gelir. Güvenlik şefi Garibaldi ise, gelir gelmez bu tuhaf adamdan şüphelenmiş ve onu izlemeye almıştır. Öte yandan Londo Mollari, İmparatordan 3 eşinden de boşanmak için izin istemiş; ama İmparator, bir tanesiyle evli kalması kaydıyla diğer iki eşini boşayabileceğini söylemiştir. Bunun üzerine Mollari, üç eşi arasından hangisini seçeceğine dair kararını vermek üzere tüm eşlerini Babylon 5’a çağırmıştır. Mollari 30. Yükseliş gününü kutlarken kendisine hediye edilen bir heykelcik yüzünden ansızın hastalanır. Bu heykelcik, üsse Matt Stoner tarafından getirilmiştir. Ama eşlerinden Timov, Mollari’ye kan vererek onu ölmekten kurtarır. Üs görevlileri Matt Stoner’ın geçmişini incelediklerinde onun Psi Birliği’nden çıktığını farkederler. Fakat bu birliğe girmiş bir kimsenin özgür bırakıldığı daha önce hiç görülmemiştir. Sonradan öğrenilir ki Matt Stoner, üzerinde deneyler yapılarak bir empataya (herkesi ikna edebilme gücüne sahip kişi) dönüştürülmüştür.
02×08 A Race Through Dark Places
Kayıt dışı telepatların Babylon 5 İstasyonu’ndaki kimliği belirsiz kişilerce gizlenildiğini öğrenen Psi Birliği, kayıt dışı telepatların derhal ortadan kaldırılması ve onlara yardım edenlerin de cezalandırılması için Polis Bester’ı Babylon 5’a gönderir. Bester’ın iddiası doğrultusunda bir ön araştırma yapan üs görevlileri, Babylon 5’da gerçekten de kayıt dışı telepatların olduğuna yönelik ciddi buluntular elde ederler. Fakat üssün telepatı Winters, bir çatışma esnasında kayıt dışı telepatlarca kaçırılır. Winters, kayıt dışı telepatların Psi Birliği ile ilgili anlattıkları karşısında bağlı olduğu kuruma yönelik güvenini yitirecektir. Çünkü Psi Birliği kanlı ve karanlık bir yapılanmadan başka bir şey değildir. Bunun üzerine kayıt dışı telepatların, psi polisi Bester tarafından öldürülmemesi için bir plan hazırlanır. Winters’ın da desteğini alan kayıt dışı telepatlar, özel güçlerini birleştirerek kendilerini yakalamaya gelen Bester’ı bir illüzyonla kandırırlar. Tüm kayıt dışı telepatların öldüğünü sanan Bester ise üsden ayrılır. Öte yandan Winters, kısa süre önce Psi Birliği’nden kaçıp yükselmiş olan eski sevgilisi Ironheard’ın, cisimleri hareket ettirebilme yeteneğinin yanısıra kendisine zihin taramasına karşı özel bir engelleme gücü verdiğini de farkedecektir. Komutan Sheridan ve Delenn ise, başbaşa romantik bir akşam yemeği yerler ve doyasıya sohbet ederler. Aralarında bir yakınlaşma olduğu görülmektedir.
02×09 The Coming of Shadows
Ömrünün son dönemlerini yaşayan Centauri İmparatoru Babylon 5 İstasyonu’na dostça bir ziyaret gerçekleştirmeye karar vermiştir. Fakat Büyükelçi Mollari ve stratejik dostu Refa, İmparator’a bir suikast düzenleyerek, Centauri Prime’ın kontrolünü ele geçirmeyi planlarlar. İmparator’a suikast düzenlemeyi planlayan yalnızca ikisi değildir. G’Kar da aynı amacı gütmektedir. Fakat İmparator ani bir rahatsızlık geçirerek revire kaldırılır. Sağlığı iyi değildir. Bu durumu da lehlerine çevirmek isteyen Mollari, Gölgeler’den yardım isteyerek Quadrant 14 kolonisinin yok edilmesine neden olur. Narnlar, Sahadowlar’ın bu hızlı saldırısı karşısında çok büyük kayıplar verir. Ölmek üzere olan İmparator, bu kanlı olayların ardında Mollari ve Refa ikilisinin olduğunu bilmektedir ve ölmeden hemen önce Mollari’ye lanetlendiğini söylemiştir. Öte yandan Komutan Sinclair, yaklaşan karanlık güçle savaşmak için kurulmuş olan gizli bir örgüte dahil olmuştur. Bu bilgiyi paylaşmak ve üsdeki dostlarını gelmekte olan tehlikeye karşı uyarmak üzere Babylon 5’a bir adamını gönderir. Narnlar ise, Centauri İmparatorluğu’na karşı resmi savaş ilan eder.
02×10 GROPOS
General Richard Frenklin komutasındaki 25 bin kişilik bir Dünya Gücü piyade birliği Babylon 5 İstasyonu’na gelir. Amaçları ise Akdor gezegenindeki iç savaşa müdahil olmak ve Matok adlı bir asi üssünü etkisiz hale getirmektir. Dünya Birliği, başlayan Narn-Centauri savaşı nedeniyle, bu bölgeye en yakın yer olan Akdor gezegeninde askeri birlik bulundurmak istemektedir. Fakat 25 bin askerin gelişiyle birlikte, üsde yer ve disiplin sorunları hat safhaya ulaşır. Öte yandan General Richard Frenklin ile üsde doktor olan oğlu Stephen Frenklin arasındaki bazı ailevi sorunlar günyüzüne çıkar; ama baba ve oğul bu sorunların üstesinden gelmeyi başaracaktır. Ayrıca üsse gelen Dünya Gücü birliği, yanlarında Babylon 5’a monte edilmek üzere son derece teknolojik silah ve silah sistemleri de getirmiştir. Bunların monte edilmesiyle birlikte Babylon 5 artık kapsamlı bir savaş gemisine dönüşür. Kısa bir süre sonra birlik, görevini yerine getirmek üzere üsden ayrılır. Televizyonlar, Matok saldırısının başarıyla gerçekleştirildiği bilgisini aktarırlar; ama Dünya Gücü pek çok kayıp vermiştir.
02×11 All Alone in the Night
Büyükelçi Delenn, Gri Konsey üyeliğinden çıkartılır ve yerine asker kastından Neroon getirilir. Delenn bunun kurallara aykırı olduğunu söylese de konseyin kararı kesindir. Komutan John Sheridan ise, küçük bir ekiple birlikte bir araştırma görevine çıkar. Ama ekibi, görev esnasında ortaya çıkan esrarengiz bir gemi tarafından saldırıya uğrar ve Sheridan kaçırılır. Hayatta kalmayı başaran Ramirez ise, tüm enerjisini kullanarak üsse geri dönmeyi başarır; ama aşırı radyasyona maruz kalmıştır ve çok geçmeden ölür. Komutanı kaçıranların, ele geçirdikleri her canlı türünden örnekler toplayan Streibler olduğu ortaya çıkar. Agememnon’un da katılımıyla oluşturulan bir savaş birliği, Streibler’e karşı saldırıya geçer. Bu saldırı sonunda Streibler gemisi yok edilir. Ama komutan Sheridan, bir Narn tutsakla beraber gemiden kaçmayı başararak kurtulur. Öte yandan Babylon 5 Üssü’ne gelen General Hague, komutan Sheridan ile özel bir görüşme yapar ve ona yakın zaman önce yaşamını yitiren Dünya İttifakı Başkanı Luis Santiago’nun suikaste uğramış olabileceğinine dair güçlü şüphelerin olduğunu söyler. Bu suikastin ardında Psi Birliği’nin olduğu sanılmaktadır. Bu nedenle General Hague, John Sheridan ve ekibinden istihbarat bilgileri toplamalarını ve bu bilgileri kendisine iletmelerini ister. Komutan ve ekibi, bu görevi yerine getireceklerini belirtirler.
02×12 Acts of Sacrifice
Centauri-Narn Savaşı gitgide şiddetlenmekte ve kayıplar her geçen gün daha da artmaktadır. Narn Büyükelçisi G’Kar, son Centauri saldırısı sonrası destek bulmak amacıyla Komutan Sheridan ve Minbari büyükelçisi Delenn ile bir görüşme yapar; ama resmi olarak umduğu desteği bulamaz. Diğer taraftan çatışmanın yansımaları Babylon 5 İstasyonu’nda da kendini göstermeye başlamıştır. Üsdeki Narnlar ile Centauriler her fırsatta birbirleriyle kavgaya tutuşmaktadır. G’Kar, diğer güçlerin desteğini alabilmek için üsdeki Narnlar’ı sakinleştirmeye çalışsa da ilk denemesinde başarısız olur. Ama daha sonra insanlarına söz geçirmeyi başaracaktır. Delenn ve Komutan Sheridan, G’Kar’ın talepleri doğrultusunda gayrıresmi olsa da yardımda bulunmaya karar verirler. Üsse gelen ve ilk kez karşılaşılan Lutamiler ise, uzaylı güçleri ittifakına katılmadan önce Babylon 5 üssünü ve üdeki canlıları yakından tanımak ister. Bunun üzerine Susan Ivanova, Lutami temsilcisine üssü gezdirir. Fakat yaptığı bu rehberlik hizmeti oldukça sıradışı geçecektir.
02×13 Hunter, Prey
Bir zamanlar Dr. Stephen Frenklin’in de öğretmenliğini yapmış olan Dr. Everett Jacobs Babylon 5 Üssü’ne gelerek saklanmaya başlar. Peşinden de onu arayan bir özel ajan ordusu üsse konuçlanır. Özel ajanlar en kısa sürede Jacobs’ı yakalamak için geniş çaplı bir inceleme başlatırlar. Bu arada General Hague tarafından gönderilen bir görevli Komutan Sheridan ile iletişime geçer ve Dr. Jacobs’ın ajanlardan önce bulunması ve üsden götürülmesi gerektiğini söyler. Çünkü Dr. Jacobs, Dünya Başkanlık Ofisi’nde görev yapmış üst düzey bir doktordur ve Dünya İttifakı Başkanı Luis Santiago’nun ölümüne dair çok önemli bilgilere sahiptir. Santiago’nun ölümünün ardından yerine geçen yeni başkan Clark, Santiago ölmeden önce bir hastalığı olduğunu iddia ederek patlayan gemiye binmemiştir. Oysa Dr. Jacobs, Clark’ın hiçbir sağlık sorunu olmadığını ortaya çıkarmıştır. Santiago suikastinde şu anki başkan Clark’ın da parmağı olduğu çok açıktır. Bunun üzerine üs görevlileri derhal harekete geçerek Dr. Jacobs’ı ajanlardan önce bulup üsden kaçırırlar. Dr. Jacobs’dan alınan ve Santiago’nun ölümünü aydınlatacak olan bilgilerse General Hague’ye yollanır.
02×14 There All the Honor Lies
Komutan John Sheridan, iletişim cihazını çalıp kaçan bir hırsızı kovalamaya başlar. Komutan, bu kovalamaca esnasında karşısına çıkan Lavell isimli bir Minbari’nin saldırısına uğrar ve eline geçen bir silahla Levell’i vurup öldürür. Komutan, kendisini savunmak için ateş açmak zorunda kaldığını söylesede, Minbariler acilen bir mahkemenin kurulmasını talep eder. Olay sırasında orada bulunan başka bir Minbari’nin, görgü tanığı olarak ifadesine başvurulur; ama bu kişi de John Sheridan’ın cinayeti kasten işlediğini söyler. Komutan için durum gitgide kötüleşmektedir. Olayın hükümetler arası boyuta taşınmış olması nedeniyle Dünya Gücü, komutanı savunmak üzere üsse bir avukat gönderir. Fakat yapılan araştırmalar sonrası, Levell’in tüm bu yaşananları daha önceden planladığı ortaya çıkar. Amacı ise, Minbariler arasında “Yıldız Katili” olarak anılan John Sheridan’ı suçlu duruma düşürüp üsden ayrılmak zorunda bırakmaktır. Fakat Büyükelçi Delen ve üs görevlileri, hazırladıkları bir planla bu gerçeği kanıtlamayı başarırlar. Bunun üzerine Komutan Sheridan ve Büyükelçi Delenn olayın tamamen kapatılması konusunda anlaşır.
02×15 And Now For a Word
Muhabir Cynthia Torqueman, bir süredir dünya kamuoyu tarafından varlığı tartışılan Babylon 5’la ilgili belgesel yapmak üzere üsse gelir. Cynthia Torqueman üsdeki tüm görevliler ve büyükelçiler ile ilgili pek çok konuda doyurucu röportajlara imza atar. Herkes kendi bakış açısına göre Babylon 5 ile ilgili düşüncelerini ortaya koyar. Belgeselin hazırlandığı sırada, resmi olarak savaşta olan Narn ile Centauri güçleri arasında, Babylon 5 Üssü’nü de yakından ilgilendiren çatışmalar meydana gelir. İki tarafın büyükelçisi de kendi devletlerinin haklı olduğunu göstermeye çalışır. Ama tarafların bu çatışmaları, Babylon 5 için sürekli bir tehlike unsuru oluşturmaktadır. Ayrıca Dünya İttifakı’ndan Senatör Hidoshi, Babylon 5 İstasyonu’nun geçmişte Dünya-Minbari savaşının tekrar yaşanmaması için inşaa edildiğini; ama artık günümüzde varlığının tartışmalı hale geldiğini açıklar. Bu da Dünya İttifakı gözünde, Babylon 5’ın taşıdığı anlam ve misyonun her geçen gün daha da azaldığını göstermektedir.
02×16 In the Shadow of Z’ha’dum
Güvenlik şefi Garibaldi, içerisinde John Sheridan’ın eşinin de bulunduğu ve kaza sonucu patladığına inanılan araştırma gemisi Icarus’un murettebat bilgilerini incelerken tuhaf bir durumla karşılaşır. Gemideki yolculardan biri olan ve kaza sırasında öldüğü rapor edilen Morden isimli kişi şu anda Babylon 5 İstasyonu’nda bulunmaktadır. Bunun üzerine John Sheridan, eşinin ölümünü aydınlatmak adına derhal Morden’ı tutuklayıp sorguya alır. Ama Morden, kazadan şans eseri kurtulduğunu ve olayın şokuyla hiçbir şey hatırlamadığını iddia eder. John Sheridan onun bu savunmasına inanmaz. Dahası Morden’ı konuşana dek serbest bırakmaya niyeti yoktur. Bunun üzerine olayın ardındaki gerçeğin farkında olan Delenn ve Kosh John Sheridan’a tüm bildiklerini anlatmak zorunda kalırlar. Icarus gemisi, incelemek amacıyla Z’ha’Dum adlı bir bölgeye gitmiştir. Ama bu bölge Gölgeler adı verilen çok eski ve tehlikeli bir türün yaşam alanıdır. Gemidekiler farkında olmadan Gölgeler’i uykusundan uyandırmış ve yok edilmişlerdir. Uyanan Gölgeler, uzun zamandır sinsi bir savaş stratejisi izleyerek galaksideki tüm türleri yok etmeyi planlıyordur. Morden ise, bu türün bir çeşit maşasıdır ve eğer serbest bırakılmazsa, gizli planlarının açığa çıktığını düşünen Gölgeler tüm galaksiye saldıracaktır. Bir zamanlar, eski uygarlıkların da yardımıyla Gölgeler mağlup edilmiştir; ama Vorlonlar hariç artık o eski uygarlıkların hepsi de evrenin uzak köşelerine göçmüştür. Dolayısıyla şu an için galakside Gölgeler’e karşı koyabilecek bir güç yoktur ve olası bir savaşta Gölgeler her yeri yakıp yıkacaktır. Olayın büyüklüğünü farkeden John Sheridan, gönülsüz de olsa Morden’ı serbest bırakmaya ikna olur; ama bir gün Gölgeler’i mağlup etmeye ant içer ve Kosh’tan onlarla nasıl savaşabileceğini öğretmesi ister. Kosh Sheridan’ın bu isteğine olumlu yanıt verir.
02×17 Knives
John Sheridan, hakkında söylentiler yayılan gizemli bir bölümü incelerken koridorda öylece yatan bir Markab cesedi bulur. Bu esnada ceset ansızın hareket ederek komutana dokunur. Bu dokunuş Sheridan’a bir şeyler bulaşmasına neden olmuştur. Olayın ardından komutan muayeneye alınsa da hiçbir sonuç bulunamaz; ama Sheridan kısa süre sonra bazı sanrılar görmeye başlar. Durumun iyice kontrolden çıktığı bir noktada, içine giren şeyin kendisine bir mesaj vermeye çalıştığını farkeder. İçindeki şey canlıdır ve eve gitmek istiyordur. Bunun üzerine derhal bir araca binerek, içindeki varlığın geldiği yer olan Delta 14 bölgesine gitmek için yola koyulur. Bu bölge daha önce Babylon 4 Üssü’yle karşılaşılan yerdir. Güvenlik Şefi Garibaldi de komutanın peşinden bölgeye gider. Komutan söz konusu yere ulaştığında içindeki canlı çıkar; ama komutan bilincini yitirmiştir. Bu nedenle Garibaldi komutanının gemisini bir kancayla yakalayıp üsse geri götürmek zorunda kalır. Öte yandan Mollari’nin eski dostu olan Urza üsse gelerek ailesinin vatan hainliğiyle suçlandığını anlatır. Mollari’den yardım istemektedir. Mollari yardım edeceğini söylese de durumun oldukça karışık olduğunu öğrenir. Bunun üzerine Urza, Mollari’ye meydan okur ve bir düelloya davet eder. Düello sırasında Mollari Urza’yı öldürür; ama Urza zaten ölmek istemiştir. Duello sonucunda Urza’nın ailesi düellonun galibi Mollari’nin nüfusu altına geçer. Böylece, Urza’nın ailesi artık güvende olacaktır.
02×18 Confessions and Lamentations
Bir süredir yaşanan kuşkulu Markab ölümleri Dr. Stephen Frenkli’ni endişelendirse de, yaptığı araştırmalarda bu ölümlere dair anormal bir bulguya rastlayamaz. Ama kısa süre sonra Babylon 5 Üssü’ndeki pek çok Markab teker teker hastalanıp ölmeye başlar. Dr. Frenklin önderliğindeki Babylon 5 sağlık ekipleri, yaptıkları inceleme sonucu yaşanan ölümlere tehlikeli ve bulaşıcı bir salgının neden olduğunu bulurlar. Salgın ilk başlarda sadece Markab türünü etkiliyor gibi gözükse de, zaman içinde bazı başka türler arasında da yayılmaya başlar. Markablar, bu salgına Drafa ismini vermişlerdir. Salgının ahlaksızlıklar ve aşırılıklar sonucu ortaya çıktığına inanmaktadırlar. Ayrıca salgının sadece bu vasıflara uyan kişiler üzerinde etkili olabildiğine dair batıl bir inançları vardır. Dr. Frenklin, mutasyona uğrayarak tüm üssü etkilemesinden korktuğu bu salgını önleyebilmek adına amansız bir çalışmanın içine girer; ama ne yazık ki tedaviyi bulana kadar galaksideki tüm Markab türü salgına yenik düşerek yok olur.
02×19 Divided Loyalties
Üssün eski telepatı Lyta Alexander, ağır şekilde tahrip edilmiş bir gemiyle Babylon 5 İstasyonu’na gelir. Tedavisinin ardından John Sheridan ile görüşmek istediğini söyler. Ona göre üsde, Psi Birliği için çalışan gizli bir ajan bulunmaktadır. Bu ajan, kişiliğinin derinliklerine yüklenmiş olan bir çeşit komut ile yönetilmektedir ve kendisi bile ajan olduğunu bilmemektedir. Lyta Alexander, bu ajanın ortaya çıkartılabilmesi için tek yolun zihin taraması olduğunu açıklar. Fakat Susan Ivanova her zaman olduğu gibi bunu kabul etmez. Çünkü kendisi de gelişmemiş bir çeşit telepattır ve bu yeteneğinin Psi Birliği tarafından öğrenilmesini istememektedir. Bu gerçeği John Sheridan ile paylaşır. Buna rağmen Komutan Sheridan üsdeki tüm personelin Lyta Alexander tarafından taranmasını sağlayacak bir yol bulur; fakat taranan herkes temiz çıkmıştır. Susan Ivanova da sonunda zihin taramasından geçmeyi kabul eder ve onun da temiz olduğu anlaşılır. Bu sırada odaya üssün telepatı Talia Winters girer. Lyta Alexander hızlıca onu da tarar ve aradıkları ajanın Talia Winters olduğu ortaya çıkar. Kimliği deşifre olan Winters üssü terkeder.
02×20 The Long, Twilight Struggle
Narn-Centauri savaşı her geçen gün daha da şiddelenmektedir. Narnlar, tüm güçleriyle Centauri İmparatorluğu’na bağlı bir ikmal üssüne saldırıya geçer. Fakat bu saldırı esnasında ortaya çıkan Gölgeler Narn gemilerini yok eder. Öte yandan Centauri İmparatorluğu, Narnlar’ın bu toplu saldırısını fırsat bilerek korunmasız halde kalan Narn Anavatanına sinsi bir çıkartma yapar ve kitle imha silahları kullanarak gezegen üzerindeki yüzbinlerce Narn’ı katlederler. Bunun üzerine Narn hükümeti kayıtsız-şartsız teslim olmaya mecbur kalır. Artık Narnlar, Centauri İmparatorluğu’nun bir kolonisi haline gelmiştir. Mollari, G’Kar’ın Babylon 5 konseyinden çıkartılmasını ve Centauri İmparatorluğu’na teslim edilmesini ister. Fakat G’Kar, Babylon 5 Komutanı John Sheridan’a sığınma talebinde bulunduğu için Mollari’nin bu isteği yerine getirilmez. Bunun yanısıra, Babylon 5 yakınındaki gezegende bulunan Draal’dan bir mesaj gelmiştir. Delenn ve Sheridan gezegene giderek Draal ile buluşurlar. Draal olanlara, yaklaşan karanlığa karşı işbirliği önermiştir. Ayrıca Gölgeler’e karşı kanlarının son damlasına kadar savaşmaya ant içmiş Komondolar da, Komutan John Sheridan’a sadakatlerini sunarlar. Artık yaklaşan savaşla birlikte, saflar da yavaş yavaş belirmeye başlamıştır.
02×21 Comes the Inquisitor
Büyükelçi Kosh, uygun kişi olup olmadığının anlaşılabilmesi için Delenn’i bir sınavdan geçirmeye karar vermiştir. Bunun üzerine bir Vorlon gemisi Babylon 5 İstasyonu’na gelir ve içinden kendisini “Sebastian” olarak tanıtan bir insan çıkar. Üsse Büyükelçi Delenn’i sorgulamak üzere Vorlonlar tarafından gönderilmiştir. Üssün tenha ve karanlık bir yerinde Delenn’in sorgusu başlar. Ama Sebastian bu sorgu esnasında Delenn’e acı çektirmektedir. Delenn’i acı içinde gören Lennier Komutan John Sheridan’a durumu anlatır. Komutan hemen Delenn’in yanına gider; ama artık kendisi de sorgunun bir parçası olmuştur. Sebastian, bu iki kişinin uygun bireyler olmadığına karar vermek üzereyken, Komutan Sheridan ve Delenn arasındaki duygusal bağdan çok etkilenir. Çünkü her ikisi de birbiri için canını vermeye hazırdır. Bu manzara sonrası Sebastian, ikisinin de sınavı geçtiğini söyleyerek uzaklaşır. John Sheridan bu gizemli kişinin kim olduğunu merak ederek bir araştırma yapar ve Sebastian’ın 1800’lerin sonlarında pek çok cinayet işlemiş bir seri katil olduğunu öğrenir. Bu seri katil herkesin Karın Deşen Jack olarak bildiği kişidir. 1888 yılında Vorlonlar tarafından kaçırılmış ve o tüm bu zaman boyunca onlar için çalışmıştır. Öte yandan G’Kar, üsdeki otoritesini sağlar ve bir Narn direniş örgütünün liderliğini üstlenir.
02×22 The Fall of Night
Narnlar’a karşı kanlı bir zafer kazanan Centauri İmparatorluğu, diğer bazı türlerin bölgelerini de işgal etmeye başlamıştır. Bu durum Babylon 5 İstasyonu’nda genel bir huzursuzluğa neden olur. Öte yandan Dünya İttifakı Babylon 5 Üssü’ne Barış Bakanlığı’ndan bir yetkili gönderir. Herkes ilk başta bunun sevindirici bir gelişme olduğunu düşünse de, dünyanın gerçekte Centauri İmparatorluğu’yla bir şiddet karşıtı antlaşma imzalamak istediği ortaya çıkar. Bu sırada Centauri savaşından kurtulmuş bir Narn Kravazörü Babylon 5’tan sığınma talebinde bulunur. Bunun üzerine Mollari, Komutan Sheridan’a Narn Kravazörünün kendilerine teslim edilmesini emreder; ama Sheridan bunu kabul etmez. Bu gelişme sonrası bir Centuari savaş gemisi Babylon 5’a saldırır; fakat Babylon 5, Centauri savaş gemisini etkisiz hale getirir. Bu durum Centauri ile Dünya arasında kısa süreli bir gerginliğe sebebiyet verir. Centauri İmparatorluğu, John Sheridan’ın kendilerinden resmi olarak özür dilemesini ister. Komutan Sheridan, tüm büyükelçilerin hazır bulunacağı özür töreni için yola koyulmuşken bindiği taşıt bombalı saldırıya uğrar. Sheridan iyi bir zamanlamayla kendini taşıttan boşluğa bırakır. Herkes onun öleceğini düşünürken, Kosh ilk kez koruyucu giysisinden çıkarak onu havada yakalar ve kurtarır. Bu olayın etkisi, Babylon 5’ta dalga dalga yayılmaya başlar. Diğer taraftan resmi olarak ilk defa Gölgeler’e ait bir gemi görüntülenmiştir. Artık tüm türler yaklaşan savaştan haberdardır.